In Nederland hebben naar schatting 300.000 mensen een erfelijke aanleg voor kanker. Momenteel wordt deze informatie onafhankelijk van elkaar verzameld en bijgehouden bij de acht Nederlandse klinisch genetische centra. De Netherlands Genetic Tumour Risk Registry (NESTOR) heeft als doel deze datasilo's te harmoniseren en te verenigen om meer onderzoek mogelijk te maken en om patiëntmonitoring in het hele land te verbeteren.
We zijn op zoek naar een data engineer om de data-infrastructuur voor NESTOR te realiseren. Jouw missie is om af te stappen van handmatige gegevensinvoer en toe te werken naar een naadloze, geautomatiseerde infrastructuur. Je gaat pipelines bouwen waarmee gegevens over erfelijke kanker veilig worden verzameld vanuit lokale elektronische patiëntendossiers (EPD's) naar een centrale registers.
Als research data engineer voor het NESTOR-project binnen Amsterdam UMC ben jij de primaire data engineer die onze lokale en nationale data-integratiestrategie implementeert.
Jouw belangrijkste verantwoordelijkheden:
-
geautomatiseerde ETL-pipelines: ontwerp en implementeer robuuste ETL/ELT-workflows om gegevens uit klinische bronnen (bijv. Epic, Genesis) te ontsluiten naar het NESTOR-register;
-
nationale interoperabiliteit: zorg ervoor dat alle gegevensoverdrachten voldoen aan nationale standaarden zoals HL7 FHIR en de Health-RI architectuur;
-
synchronisatie tussen UMC's: samenwerken met technische teams van andere Nederlandse UMC's om datamodellen te harmoniseren en consistentie te waarborgen in de manier waarop erfelijke kankerrisico's worden vastgelegd en gedeeld;
-
privacy en beveiliging: implementeer pseudonimiserings- en versleutelingsprotocollen om gevoelige genetische en klinische informatie te beschermen, waarbij strikt wordt voldaan aan de AVG en UMC-specifieke beveiligingskaders;
-
doorontwikkeling van het register: samenwerken met klinisch genetici en onderzoekers om de mogelijkheden van NESTOR uit te breiden.
Je bent een technisch specialist die wil dat zijn of haar code directe impact heeft op de volksgezondheid. Je geniet van de puzzel om ongelijksoortige medische databases te verbinden tot een samenhangend geheel.
Je brengt mee:
-
een BSc, MSc of PhD in Computer Science, Bioinformatica of een vergelijkbaar technisch vakgebied;
-
expertkennis van Python en geavanceerde SQL. Ervaring met Containers en API-ontwikkeling;
-
ervaring met klinische registers of EPD-data (Epic/Genesis) is een pre;
-
ervaring met medische datastandaarden (OMOP, FHIR of SNOMED CT) is zeer gewenst;
-
je kunt navigeren door de organisatorische complexiteit van het Nederlandse UMC-landschap en effectief communiceren met zowel IT-afdelingen als medisch specialisten.
-
Je treedt in dienst bij Amsterdam UMC Research BV.
-
Een bepaalde tijd contract voor 2 jaar.
-
Inschaling in salarisschaal 10: € 3.598 tot € 5.669 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van ervaring). Daarnaast ontvang je 8,3% eindejaarsuitkering. Bereken hier jouw netto salaris. Per 1 juli 2026 wordt het salaris conform cao UMC met 3,5% verhoogd.
-
Vakantie-uren: 194,4 uur per jaar bij een fulltime dienstverband en de mogelijkheid om uren bij te sparen.
-
100% OV-vergoeding. Kom je lopend, fietsend of met de auto? Dan ontvang je een vergoeding van €0,21 per km (voor de auto geldt een maximum van 40 km enkele reis).
-
Kom je op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling.
-
Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen.
Bekijk deze video met meer informatie over de indiensttreding bij Amsterdam UMC Research BV.
De functie wordt ondergebracht bij het Advanced Compute & Data Core (ACDC) en het Lab Genoom Analyse binnen de afdeling Humane Genetica. Je maakt deel uit van het NESTOR project, een landelijk initiatief om een nationaal register voor erfelijke kankers te ontwikkelen.
Het Advanced Compute & Data Core bestaat uit een team van 7 HPC engineers, data engineers en data stewards. Ons team komt voort uit een nauwe samenwerking van de Omics en Bio-imaging core faciliteiten van Amsterdam UMC en heeft als missie een gezamenlijk, integraal reken- & dataplatform te voorzien.
Het Laboratorium Genoom Analyse is een onderdeel van de afdeling Humane Genetica. Binnen dit laboratorium werken circa 200 medewerkers die een verscheidenheid aan moleculaire testen uitvoeren om erfelijke genetische aandoeningen te onderzoeken. Het lab is ISO 15189 geaccrediteerd en voert routinematig Whole Genome Sequencing (WGS) uit met state-of-the-art short read sequencing (Illumina) en long read sequencing technologien (Oxford Nanopore).
Heb je nog vragen? Voor inhoudelijke informatie over deze vacature kun je terecht bij dr. Daoud Sie, hoofd Bioinformatica, via [email protected].
Een referentiecheck en screening kunnen onderdeel zijn van de procedure. Kom je bij ons in dienst, dan vragen we voor een aantal functiegroepen standaard een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag). Bekijk wat het inhoudt en of het voor jouw functie van toepassing is.
Interne kandidaten krijgen, bij gelijke geschiktheid, voorrang op externe kandidaten.
Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.
