De sectie Genoomdiagnostiek van de afdeling Genetica in het Radboudumc ambieert om voorop te blijven lopen op het gebied van de genetische patiënten diagnostiek. Hierbij worden de laatste technieken binnen het vakgebied van de genetica ingezet. We werken met de nieuwste technologieën om DNA te onderzoeken: van moderne methoden om DNA uit te lezen tot slimme algoritmes voor het opsporen van genetische varianten en software die helpt bij de interpretatie daarvan. Als software engineer speel jij hierin een belangrijke rol.
Onze processen zijn sterk geautomatiseerd; zowel in het natte lab (aansturing pipeteer robots) alsook in het analyseren van grote hoeveelheden data (Bioinformatica) en de interpretatie van de resultaten. Dagelijks verwerken wij rond de 150 DNA-samples met behulp van meerdere moderne onderzoeksmethoden.
Dit geautomatiseerde proces genereert grote hoeveelheden data (tot ~1TB per DNA-sample). De systemen verwerken informatie uit meerdere bronnen, sturen laboratoriumapparatuur aan en moeten zeer stabiel en efficiënt draaien. We gebruiken daarbij een mix van standaardsoftware, specifiek geconfigureerde pakketten en zelfontwikkelde toepassingen. De infrastructuur moet daarom flexibel, schaalbaar én betrouwbaar zijn, passend bij de hoge eisen van patiëntenzorg.
Onze ontwikkelstack omvat Java, Spring en Vaadin en qua tools werken we met Atlassian, Github en Slack. Dit alles draait op een groot HPC (6PB met 1448 cores). De benodigde informatie voor uitvoer van deze processen bevind zich in verschillende systemen waarbij de gegevensuitwisseling geüniformeerd moet worden.
Wat ga je doen?
Als softwareontwikkelaar ben jij verantwoordelijk voor de software-infrastructuur die automatische aansturing, dataverwerking en data-interpretatie ondersteunt. In het bijzonder de uitwisseling van gegevens via koppelingen met het ziekenhuisbrede EPD en eigen systemen binnen ons laboratorium. Je werkt samen met meerdere software engineers én eindgebruikers aan de onderliggende infrastructuur waarbij jij specifiek verantwoordelijk bent voor de gegevensuitwisseling. Je bent hierin dan ook zowel een functioneel als ook het technisch aanspreekpunt voor collega’s die met jouw oplossingen werken.
Dit doe je zelfstandig of in teamverband voor het gehele ontwikkelproces:
-
Het opstellen van requirements & het maken van het ontwerp.
-
Ontwikkeling in afstemming met eindgebruikers.
-
Het testen en in productie brengen van nieuwe functionaliteit.
Zo bouw je mee aan nieuwe functionaliteiten die bijdragen aan betere diagnoses voor patiënten. Denk hierbij aan:
-
Gegevensuitwisseling via HL7/FHIR
-
Maatwerk-koppelingen voor integratie met diverse applicaties
-
Gebruik van message broker(s) voor 24/7 continuïteit laboratoriumproces
-
Ontsluiten van gegevens richting een datawarehouse
Afhankelijk van lopende projecten werk je ook mee aan:
-
Grafische gebruikersinterfaces
-
Geautomatiseerde workflows
-
Backend-applicaties voor laboratorium-, genetische of algoritmische toepassingen
Bekijk het nieuwsbericht om een beeld te krijgen waar wij onder meer aan werken.
Wat maakt je werk bijzonder?
Je werkt in een omgeving waar laboratoriumprocessen, patiëntenzorg, complexe algoritmen en enorme hoeveelheden data samenkomen. Dat vraagt niet alleen technische kennis, maar ook inzicht in de onderliggende processen en de architectuur waarin je oplossingen bouwt.
Klinkt dit als een uitdaging waar jij energie van krijgt? We maken graag kennis met je!
